プロジェクトは定期的に保存することが重要です。忘れずに保存するために、 特定の間隔でプロジェクトを自動保存するようStoryboard Pro を設定することができます。
プロジェクトの現在の状態を新しいものとして保存するには、Save As（名称を付けて保存）コマンドを使用できます。Save As（名称を付けて保存）ウィンドウでは、保存する前に名称を付けて、このプロジェクトに別の場所を選択するように指示します。これで新規プロジェクトの完全なプロジェクトディレクトリが作成されます。
内容のコピーを作らずにプロジェクトの複数のバージョンを保ちたい場合は、新しいバージョンとしてプロジェクトを保存することもできます。プロジェクトのディレクトリ内に新しく.sboardファイルを作ります。各.sboardファイルはプロジェクトの別バージョンとして機能します。所定のプロジェクトに対する.sboardファイルは全て、同じ描画、サウンドクリップ、ビデオクリップ、およびパレットを共有します。各.sboardファイルには、パネルの構造、カット、シーン、アクト、レイヤー、パネルのタイミング、レイヤーおよびカメラのアニメーション、サウンドおよびビデオトラック、そしてそれらの中にあるクリップの位置が保存されています。
Storyboard Pro プロジェクトは多くの小ファイルから成っています。プロジェクト内の各描画は一つのファイルであり、プロジェクトには10,000個を超えるファイルが含まれることもあります。そのため、ストレージソリューションは大量のファイルですぐにいっぱいになり、ファイルシステムやバックアッププロセスに負担がかかります。プロジェクトを単一のファイルに保存（圧縮）することで、ファイル数を減らし、プロジェクトの健全性を保護できます。圧縮プロジェクトファイルには、.sbpzという拡張子が付いています。